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Fundada en Palestina para servir a «nuestros señores los enfermos», por hombres que habían hecho votos de pobreza, castidad y obediencia, pronto se convirtió en una orden monástica dedicada además a la guerra contra los enemigos «de la Cruz». Junto a sus rivales templarios, y a los caballeros teutónicos, constituyó una de las grandes hermandades de monjes guerreros nacidas en Tierra Santa.
Sus freires combatieron contra el islam en aquellas regiones durante doscientos años, y cuando cayeron sus últimas posiciones, mantuvieron la lucha en Rodas y Malta durante siglos. Una barrera infranqueable ante los turcos y los corsarios de Berbería que resistió hasta bien entrado el siglo XVII.
Con una trayectoria histórica tan amplia, la Orden ha sufrido diversos avatares fruto de su agitado y apasionante devenir en el tiempo. Reconocida en la actualidad como sujeto de Derecho internacional, es en la práctica un Estado sin territorio, pero fiel a los principios de su creador, sigue presente en más de 120 países con sus propias actividades médicas, sociales, asistenciales y políticas; mantiene relaciones diplomáticas con 104 Estados, y está representada ante decenas de organismos internacionales.